先分清证件名称与有效期
国家移民管理局《收费标准·出入境证件收费项目、标准及依据》将“往来港澳通行证”和“前往港澳通行证”列为两个独立证件项目：前者每证60元，后者每证40元。后者不是往来港澳通行证的一种有效期版本；下述条件、材料和流程适用于往来港澳通行证及其签注。
往来港澳通行证有效期分为5年和10年：申请时未满16周岁，发给5年有效证件；申请时16周岁（含）以上，发给10年有效证件。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
通行证本体与签注是两条办理线
通行证本体是申请、领取的旅行证件，签注则是依据具体事由签发的往来授权记录。内地居民可按需单独申领往来港澳通行证；也可以同时申请证件和签注；持有效往来港澳通行证的人还可以单独申请签注。三种方式对应的申请条件、材料和收费项目并不相同。
探亲、商务、团队旅游、个人旅游、逗留、人才是签注事由，不是单独申领通行证本体的前置条件。申请签注时，应根据所选事由具备相应条件；持有效证件单独申请签注的，还应提交有效往来港澳通行证。申请人存在《中华人民共和国出境入境管理法》第十二条、《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十三条规定情形的，不予批准签发往来港澳通行证和签注。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
申请材料要分开准备
首次或单独申领往来港澳通行证，应提交：
- 《中国公民出入境证件申请表》；
- 符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片；
- 居民身份证原件；未满16周岁也可交验居民户口簿，军人应交验军人身份证明，身份证件须留存复印件或者电子扫描图片；
- 按规定提交或者核验指纹信息。
军人、登记备案的国家工作人员，还应提交本人所属单位或者上级主管单位按照人事管理权限审批后出具的同意办理出入境证件的函。
同时申请往来港澳通行证和签注，无须重复提交相关材料。持有效证件单独申请签注时，除有效往来港澳通行证外，还须提交与签注事由相关的申请材料；在非常住户口所在地申请签注的，应符合国家移民管理局规定的相应条件。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
办理要按先后环节进行
- 申请人向中华人民共和国出入境管理局委托的县级以上公安机关出入境管理部门提交材料，并在现场按规定采集或者核验指纹信息。
- 受理机构审查申请条件、材料是否齐全及形式是否合法。符合条件的，出具《受理申请回执单》；材料不齐全或不符合法定形式的，一次性告知需要补正的全部内容；不属于本部门职责或不符合受理要求的，不予受理并说明理由。
- 审批机构依照《中华人民共和国出境入境管理法》《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》进行审核，作出批准或者不予批准决定；不予批准的，出具《不予批准决定书》。
- 申请人领取证件。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
首次、换发补发与签注续签不同
首次申领通行证本体，按首次申请材料提交，可以只办证件，也可以同时办理证件和签注。
证件换发、补发的情形包括：证件损毁、遗失或者被盗抢；有效期不足6个月，或者短于拟申请签注有效期；个人身份信息变更；补充申请免登记使用港澳自助通关服务；其他确需换发、补发的情形。遗失、被盗抢或者损毁时，属于补发情形，应向受理机构申请补发。
对于换发、补发为何仍按首次申请材料办理，指南没有另作解释；其明确规定，内地居民应按照首次申请往来港澳通行证的规定提交相关申请材料。
需要再次取得签注时，走的是签注申请条件，而不是自动换发证件。持有效往来港澳通行证者，应按所申请事由办理；证件有效期不足6个月等情形，属于证件本体可以换发、补发的情况，不能代替签注申请条件。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
证件和签注分别收费
往来港澳通行证每证60元，依据《国家发展改革委、财政部关于降低部分行政事业性收费标准的通知》（发改价格〔2019〕914号）；前往港澳通行证每证40元，依据《国家发展和改革委员会、财政部关于电信网码号资源占用费等部分行政事业性收费标准的通知》（发改价格〔2017〕1186号）。
签注按每人计费：一次有效签注每件15元，二次有效签注每件30元；短期、不超过一年的多次有效签注每件80元；一年以上、两年以下的多次有效签注每件120元；两年以上、三年以下的多次有效签注每件160元；长期、三年以上且含三年的多次有效签注每件240元。上述签注标准依据发改价格〔2017〕1186号。（国家移民管理局《收费标准·出入境证件收费项目、标准及依据》）
办结时限从受理后计算
受理往来港澳通行证申请后，公安机关出入境管理部门应当在7个工作日内签发；单独受理签注申请后，应当在7个工作日内签发。因所在地区交通不便或特殊情况不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理部门批准，可延长至20个工作日。按照国家移民管理局有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证、签注的，应当在20日内签发。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
常见问题
拿到《受理申请回执单》是否表示已经批准？
不是。回执是在申请符合条件、材料齐全且符合法定形式时出具，之后仍有审批环节。审批机构会作出批准或不予批准决定，不予批准的出具《不予批准决定书》。
收到一次性补正告知，是否等于已经办结？
不是。该告知针对材料不齐全或不符合法定形式，并一次性列明需要补正的全部内容。它与后续作出批准或不予批准决定属于不同环节。
持有效通行证申请签注可以委托他人吗？
在指南列明的情形下可以：申请人在原往来港澳通行证或者原签注申请受理部门申请签注，可以委托他人代为申请。代为申请仍须按照相应规定提交申请。（国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》）
申请人在港澳地区可以委托他人代为申请吗？
不可以。国家移民管理局《往来港澳通行证和签注签发服务指南》明确，申请人在港澳地区的，不得委托他人代为申请。
换发证件时只提交旧证就可以吗？
不能这样理解。换发、补发应按照首次申请往来港澳通行证的规定提交相关申请材料，不能省略首次申请规定的材料项目。